Исчезновение Харухи Судзумии

История начинается 18 декабря, когда главный герой, Кён, замечает странные изменения в реальности. Харухи Судзумия, лидер Клуба изучения сверхъестественных явлений, исчезает, и никто, кроме Кёна, не помнит её существование. Более того, другие члены клуба — Юки Нагато, Микуру Асахина и Ицки Коидзуми — тоже ведут себя совершенно иначе: Нагато становится обычной застенчивой школьницей, Асахина не знает Кёна, а Коидзуми и вовсе не появляется.
Кён сталкивается с выбором: вернуться в привычный, хотя и хаотичный мир Харухи, или остаться в новой, но спокойной реальности. Он решает разобраться в происходящем и вернуть всё на свои места. В поисках истины Кён сталкивается с различными временными парадоксами и узнаёт больше о настоящей природе своих друзей и о себе самом.